Desde luego en el Puerto (diferentes muelles) no hay consigna. En el aeropuerto Luis Muñóz Marin, recuerdo que en una ocasión use unos casilleros que operaban con monedas, pero de esto hace tiempo y con el mas que estricto tema de la "seguridad" no lo se.
Si vuelas el mismo día que el barco atraca, las puedes facturar sin problemas, digo es una idea. También podrías preguntar en el hotel Windham (situado frente al muelle de RCI) si te las pueden guardar por unas horas

Mucha suerte y disfruta San Juan que es una joya.