Hola,yo ya hice ese crucero y cogí el acercamiento a Roma con la royal,ya estuve 4 veces la última me quede en el barco..
No se cuanto cuesta el tren pero no creo que la diferencia sea muy grande, yo te aconsejo ir con ellos es más seguro ,en autocar tardas como 1´30 horas y es más seguro para regresar a tiempo, yo ya coincidí con personas que tuvieron que regresar en taxi por que se iba el barco.
No necesitas pagar excursión solo acercamiento, no recuerdo bien pero creo que anda por los 70$., Te dejan en el vaticano y desde allí puedes moverte en bus o metro,( te aconsejo metro)tiene parada en los lugares más emblemáticos,puedes empezar por El Coliseo y luego tirar para la Plaza España, Plaza Navona y la Fontana De Trevi estas están cercanas unas de otras y puedes ir andando. A la vuelta ver el Vaticano que lo tienes al lado del autocar, no da tiempo a mucho ya que la vuelta creo recordar era a las 4´30 o 5.