Tanto Santorini como Atenas puedes ir con niños sin problema y por libre, así podrás ir a su ritmo

En el puerto de Santorini podrás contratar un barco que os lleva a Oia, minibus a la zona alta y después bus hasta Fira, desde Fira ya bajas al puerto de recogida en ténder en funicular, a pie o en burro (mulas), más práctico en funicular

También puedes quedarte en Fira paseando o ir a Oia en taxi, para esto deberás subir en el funicular (es lo más práctico), si quieres un taxi sólo tienes que salir hacia la carretera principal, también hay bus.
En Atenas podéis coger el metro, taxi o bus turístico y hacer la visita a vuestro aire, yo siempre la he hecho por libre sin ningún problema

Hay un nuevo bus, X80, que conecta El Pireo con Atenas:
www.athenswalkingtours.gr/blog/index.php...thens-walking-tours/
www.oasa.gr/pdf/X80_1_en.pdf
Con niños siempre es mejor ir por libre, así podrás adaptarte a su ritmo

Saludos,
Ángeles