Hoñla Lucky,
Yo la hice con una agencia local enjoytravel-eg.com. Si se forma un grupo de 10 personas, os sale a 70€/p y les incluye transporte desde y hasta Alejandría hasta el Cairo, guía oficial, entradas, visitando pirámides, esfinge, mirador, museo, mezquita de alabastro, y si hay tiempo panorámica por la ciudad, bazzar y tiendas de papiros y perfumes si os apetece.
Nosotros la disfrutamos mucho porque el coche nos llevaba hasta la puerta de todos los lugares a visitar, con ello nos ahorrábamos caminar mucho y tiempo.
Ya depende del crucero que hagas puedas disponer de mas horas para hacer las visitas.
Respecto a Limassol, nosotros nos tomamos un bus que hay a la salida del puerto y nos llevó al centro. La verdad es que es mas una escala técnica que otra cosa, típico para hacer algunas compras como esponjas y esas cosas y visitar un par de iglesias. Mucho tiempo no hay en esta escala.
Port Said, aunque no he estado, se que desde allí es posible hacer igualmente las excursiones a El Cairo. Se que hay gente que ha aprovechado y en vez de volver por la noche al barco, se han quedado en El Cairo a dormir y luego se ha vuelto al puerto de Port Said en vez de al de Alejandría y con eso han ganado mas cosas que ver. Mientras Alejandría está a 185km de El Cairo, Port Said está a 170km.
Un saludo