¡Madre mía tendrás tiempo de sobra!

jejejje Bueno cada uno tiene su ritmo, pero yo lo organizaría así:
Por la mañana a Pisa... Supongamos que coges el tren a las 9:00 y no es directo, a las 10:30 aprox estarás en Pisa.
Pisa la zona turística es muuuuuuuuy pequeñita, sé que de la estación de tren a la Torre inclinada hay un buen trocito caminando, creo recordar que Keltic hizo una explicación muy detallada en una de sus crónicas ¡pero tiene tantas que no recuerdo en cual era!
Pongamos que llegas a la zona turística a las 11:00h, fotos, más fotos, un paseo y a las 13h de nuevo al tren... Llegada a la Spezia a las 14:00h o si decidís comer algo rápido en Pisa (que así en el tren hacéis un poco la digestión y descansáis

), llegada a la Spezia a las 15:30h y como ya habréis comido y descansado directos a ver las Cinque Terre.
En 3h te da tiempo de sobra para pasear por estos dos pueblos y regresar al barco con tiempo suficiente. Los horarios ya ves que son muy flexibles, así que sobre la marcha podrías adaptarlos sin problemas
En La Spezia los barcos atracan en dos muelles diferentes, uno está en el centro de la Spezia y el otro en un puerto Militar. Si atraca tu crucero en el puerto del centro allí mismo tienes un pabellón con un montón de mesas informativas y te explicarán y resolverán cualquier duda que tengas de líneas de trenes, horarios, etc.
Si tu barco llega al puerto militar no te preocupes ya que las lanzaderas te llevaran hasta este mismo punto de información, eso sí, se tarda unos 15 min en ir y venir
Creo que es factible hacer las dos cosas, pero menudo palizón

jjejejeje
Al igual cuando lleguéis de Pisa lo que os apetece es ir al barco a descansar

y dejar las Cinque Terre para la próxima.
¡Ya nos contarás!