Yo hice Snorkel en Ilhabela. Aclaro que no fue durante un crucero, sino una vez que fui ahi (la conoci en barco y me encanto).
Ilhabela esta habitada en su lado Oeste (la que da al continente). Podes hacer snorkel del lado oeste en el llamado canal de san sebastian el que separa la isla de la ciudad de san sebastian (Frente a Ilha das Cabras) o podes hacer del otro lado pero es mas caro y tenes que ir en lancha.
Yo opte (para probar) hacerlo del lado oeste en la Ilha das Cabras. Alrededor de toda la isla el agua es bastante cristalina y se ven lindas cosas.
Si te interesa avisame que te paso mas datos.
Suerte y buen viaje!