Hola Robers!
Si tenéis pensado combinar el crucero con estancia en Kioto y Tokio, entonces sí porque la verdad es que hacer únicamente el crucero sería una pena, ya que como bien dices, los puertos que toca no son precisamente de las ciudades más interesantes de Japón. Una pena perderos Hakone, Nara o Hiroshima, por ejemplo. Si disponéis de tiempo, sin duda, las incluiría en el itinerario de vuestro viaje.
Saludos!